Dreißigjähriger Krieg: völlige Verwüstung 1646 – 126 Einwohner in 1674 – Herrschaft des Grafen von Flemming
Das 17. Jahrhundert brachte Hasenholz schwere Zeiten: Der Dreißigjährige Krieg (1618–1648) hinterließ tiefe Spuren. Um 1646 beschrieb ein Chronist die Situation im Dorf als „öde, wüst und total ruiniert“, was vom Ausmaß der Zerstörungen zeugt. Auch das benachbarte Buckow wurde um 1637 geplündert, wodurch viele Einwohner fliehen mussten. Jahrzehnte vergingen, ehe sich das Leben wieder einigermaßen normalisierte.
Dennoch entstand nach Kriegsende allmählich ein neuer Aufschwung. So gehörte Hasenholz ab 1674 zur Herrschaft des Grafen von Flemming, der offenbar für eine gewisse Stabilität sorgte. In jener Zeit zählte man wieder etwa 126 Einwohner.
Die Besitzverhältnisse waren jedoch möglicherweise komplexer, als es zunächst scheint. Ein Chronikeintrag aus dem Jahr 1688 (gestützt auf die Krügel’sche Chronik) merkt an, dass es als ungewiss galt, ob Hasenholz und das benachbarte Garzin auch zum Zinnaer Klosterbesitz auf dem Barnim gehörten. Indizien, wie die Tatsache, dass Heyno von Flemming in seinem Lehnsbrief von 1688 die Schäferei in den Klosterbergen (heutige Bergschäferei) übereignet bekam, und der Umstand, dass der Gartzsee (auf ehemaligem Hasenholzer Gebiet) bis ins 20. Jahrhundert (1928) zur Hasenholzer Kirche gehörte, ließen jedoch vermuten, dass solche älteren klösterlichen Verbindungen weiterhin bestanden oder zumindest nachwirkten.
Obgleich die Narben des Krieges tief saßen und die Besitzverhältnisse vielschichtig waren, gelang es der Dorfgemeinschaft, Felder zu bestellen, Vieh zu halten und neue Ansiedlungen zu wagen. Damit legte das 17. Jahrhundert den Grundstein für eine weitere Entwicklung und den Übergang zu ruhigeren Zeiten.